Aby przyjąć pociąg na stację należy zaznaczyć semafor wjazdowy dla danego kierunku. (znajdujący się nieopodal strzałki szlaku z blokadą liniową, wskazujący kierunek, w którym będzie jechał pociąg)

Automatycznie na niebiesko podświetlą się semafory, do których można podać przebieg pociągowy. Zaznaczamy odpowiedni semafor, do którego pojedzie pociąg i wybieramy polecenie „Przegieg pociągowy”, a następnie potwierdzamy je poleceniem „Wyślij”. Urządzenia rozpoczną pracę – rozjazdy przestawią się w odpowiednie położenie i potwierdzą, że zostały zablokowane, a następnie semafor wyświetli właściwy sygnał.

Aby wyprawić pociąg na szlak należy upewnić się, że wybrany jest odpowiedni kierunek blokady liniowej, i że przynajmniej jeden odstęp blokady liniowej jest wolny, tj. bezpośrednio za strzałką kierunku blokady jest przynajmniej jeden odstęp w kolorze szarym. Następnie wybieramy semafor wyjazdowy, przed którym znajduje się wyprawiany pociąg – podświetlą się wszystkie możliwe miejsca wyjazdu pociągu na szlak. Wybieramy odpowiednie dla danego pociągu, a następnie polecenie „Przebieg pociągowy” i potwierdzamy je poleceniem „Wyślij”. Urządzenia ponownie zaczną pracować i po spełnieniu wszystkich warunków semafor wyświetli sygnał zezwalający na jazdę.

Niektóre stacje umożliwiają przejazd pociągów bez zatrzymania. Nastawianie przebiegów odbywa się analogicznie, należy jednak najpierw podać wyjazd w sposób podany w punkcie Wyjazdy pociągów, a dopiero później Wjazdy pociągów.

W przypadku, gdy omyłkowo podamy błędny przebieg dla pociągu (np. przelot bez zatrzymania dla pociągu, który ma postój na obsługiwanej przez nas stacji) istnieje możliwość zwolnienia przebiegu. W tym celu ponawiamy czynności związane z podawaniem przebiegu – wybieramy semafor od i do którego przebieg został nastawiony, a następnie polecenie „ZD” i potwierdzamy je poleceniem „Wyślij”. Semafor natychmiast zmieni sygnał na „Stój”, ale droga przebiegu pozostanie utwierdzona przez 90 sekund, aby zabezpieczyć utwierdzone rozjazdy przed ich przestawieniem 13 pod pociągiem, który może nie zdążyć zatrzymać się przed nagle wygaszonym semaforem. Po upływie tego czasu rozjazdy zwalniają się i można ponownie układać drogę przebiegu.

Aby przygotować blokadę liniową do zmiany kierunku jej działania należy wybrać strzałkę kierunku działania blokady, a następnie wybrać opcję „ZWBL” – zwalnianie kierunku blokady liniowej. Jeśli szlak jest wolny, strzałka zacznie migać. Po uzyskaniu potwierdzenia wykonania polecenia strzałka będzie wskazywała w obie strony oraz zmieni kolor na szary – w tym momencie blokada liniowa jest nieaktywna.

Aby aktywować blokadę liniową w kierunku „od siebie” należy kliknąć na strzałkę nieaktywnej blokady i wybrać polecenie „WBL” – włączenie blokady liniowej. Strzałka kierunku blokady zacznie migać wskazaniem wybranego kierunku działania, w oczekiwaniu na uzyskanie zgody na aktywację tego kierunku przez sąsiedniego dyżurnego ruchu. Po uzyskaniu takiej zgody strzałka przestanie mrugać i blokada liniowa będzie aktywna dla danego kierunku ruchu. W tym momencie możliwe jest wysłanie pociągu na tor lewy, w sposób identyczny, jak na tor prawy.

W sytuacji, gdy nie można podać odpowiedniego sygnału zezwalającego, na semaforach podaje się sygnał zastępczy. Przy prowadzeniu ruchu na sygnały zastępcze drogi przebiegu nie utwierdzają się – rozjazdy należy nastawiać ręcznie przy użyciu poleceń „PLUS” i „MINUS”, a następnie zabezpieczyć je w żądanym położeniu poleceniem „STOP”. Po ułożeniu drogi przebiegu można przystąpić do inicjalizacji wyświetlania sygnału zastępczego na odpowiednim semaforze – w tym celu wybieramy polecenie „SZ” lub „NSZ”. Dla zwrócenia uwagi obsługującego na fakt wywołania polecenia specjalnego, tło ekranu zmieni kolor na szary. Polecenie podawania sygnału zastępczego odblokowuje się po pięciu sekundach – ten czas warto wykorzystać na upewnienie się, czy droga przebiegu dla pociągu jest odpowiednio ustawiona. Jeśli podczas inicjalizacji polecenia specjalnego zauważymy pomyłkę, należy wybrać polecenie „OPS” – odwołania inicjalizacji polecenia specjalnego. Jeśli wszystko się zgadza i chcemy podać sygnał zastępczy, wybieramy polecenie „SZP” lub „NSZP” – ekran powróci do standardowego, czarnego tła, a sygnał zastępczy zostanie nadany, co zasygnalizuje ikona semafora, mrugając na biało. Aby odwołać nadawanie sygnału 14 zastępczego należy kliknąć na nazwę obsługiwanego posterunku i wybrać polecenie „OSZ” – w przeciwnym razie sygnał zastępczy wygaśnie dopiero po 90 sekundach. Po przejechaniu pociągu należy pamiętać o odbezpieczeniu rozjazdów poleceniem „OSTOP”.

Prowadzenie ruchu na szlakach z blokadą półsamoczynną wymaga dodatkowo obsługi bloku końcowego i początkowego, a także komunikacji z sąsiednim dyżurnym ruchu w celu stwierdzenia, czy tor szlakowy jest wolny.

Po potwierdzeniu dyżurnemu ruchu sąsiedniej stacji, że droga dla pociągu jest wolna należy spodziewać się żądania pozwolenia włączenia blokady liniowej od sąsiedniego posterunku. Po zatwierdzeniu tego żądania poleceniem „PZK” dyżurny sąsiadującego posterunku może wyprawić pociąg w naszym kierunku. Po przyjeździe pociągu blokada nie wyłączy się, a jej strzałka kierunkowa zmieni kolor na czerwony.

W tym momencie należy obsłużyć blok końcowy poleceniem „KO” – potwierdzenie przyjazdu pociągu. Blokada liniowa rozpocznie proces zwalniania, po którego zakończeniu powróci do stanu neutralnego (szara strzałka wskazująca w dwie strony).

Aby uzyskać zgodę na włączenie blokady liniowej należy zatelefonować do dyżurnego ruchu sąsiedniej stacji i zapytać, czy droga dla pociągu numer po torze numer jest wolna.

Po uzyskaniu takiego potwierdzenia możemy przystąpić do włączania blokady liniowej poleceniem „WBL”. Po uzyskaniu pozwolenia od dyżurnego ruchu sąsiedniego posterunku blokada włączy się w wybranym kierunku i pojawi się możliwość wyprawienia pociągu. Kiedy pociąg dojedzie do sąsiedniej stacji, jej dyżurny ruchu zwalnia blok końcowy i blokada powraca do stanu neutralnego.

W sytuacji, gdy nie można podać odpowiedniego sygnału zezwalającego, na semaforach podaje się sygnał zastępczy. Przy prowadzeniu ruchu na sygnały zastępcze drogi przebiegu nie utwierdzają się 16 – rozjazdy należy nastawiać ręcznie przy użyciu poleceń „PLUS” i „MINUS”, a następnie zabezpieczyć je w żądanym położeniu poleceniem „STOP”. Po potwierdzeniu dyżurnemu ruchu sąsiedniej stacji, że droga dla pociągu jest wolna należy spodziewać się żądania pozwolenia włączenia blokady liniowej od sąsiedniego posterunku. Po zatwierdzeniu tego żądania poleceniem „PZK” dyżurny sąsiadującego posterunku może wyprawić pociąg w naszym kierunku. Kiedy na szlaku pojawi się pociąg, przygotowujemy polecenie „DKO” – doraźnego stwierdzenia przyjazdu pociągu, i po pięciu sekundach potwierdzamy je poleceniem „DKOP”.

W tym momencie blokada będzie przygotowana, by po przyjeździe pociągu bez podawania sygnału zezwalającego nadać polecenie „KO”, a nad czerwoną strzałką kierunku blokady zacznie mrugać żółty prostokąt.

W tym momencie można podać sygnał zastępczy.

Kiedy pociąg zwolni odstęp za semaforem pojawi się możliwość wydania polecenia „KO”. Po podaniu polecenia „KO” blokada powróci do stanu neutralnego

W sytuacji, gdy nie można podać odpowiedniego sygnału zezwalającego, na semaforach podaje się sygnał zastępczy. Przy prowadzeniu ruchu na sygnały zastępcze drogi przebiegu nie utwierdzają się – rozjazdy należy nastawiać ręcznie przy użyciu poleceń „PLUS” i „MINUS”, a następnie zabezpieczyć je w żądanym położeniu poleceniem „STOP”. Po standardowym włączeniu blokady poleceniem „WBL”, nastawieniu sygnału zastępczego i potwierdzeniu go poleceniami „SZ” lub „NSZ” i „SZP” lub „NSZP”, kiedy pociąg ruszy, należy kliknąć na strzałkę blokady liniowej i użyć polecenia „DPO”, a następnie – po pięciu sekundach - potwierdzić je „DPOP”. W ten sposób wysyłamy informację, że pociąg wyjechał na szlak. Kiedy pociąg dojedzie do sąsiedniej stacji, jej dyżurny ruchu zwalnia blok końcowy i blokada powraca do stanu neutralnego.

Na pulpitach kostkowych przyciski sterujące urządeniami sterowania ruchem kolejowym znajdują się w miarę możliwości w pobliżu urządzenia, którym sterują. Przyciski są podpisane skrótem 18 funkcji, jaką wywołują. Należy pamiętać, że przyciski można wcisnąć (LPM) lub pociągnąć (PPM). Wszystkie operacje na przyciskach obsługi urządzeń chwilę trwają, a przyciski należy przytrzymać w odpowiednim położeniu przez ok. sekundę. Nastawianie przebiegów odbywa się ręcznie, przed wyświetleniem sygnału zezwalającego na tarczy manewrowej lub semaforze należy upewnić się, że szczeliny rozjazdów podświetlone na żółto układają się w pożądaną drogę przebiegu. Poza różnicami w obsłudze urządzeń komputerowych a przekaźnikowych, zasady prowadzenia ruchu nie zmieniają się, a polecenia i ich oznaczenia nie różnią się od występujących na urządzeniach komputerowych.
Niektóre z elementów budowy pulpitu kostkowego to:

Element	Znaczenie
	Odcinek niezajęty przez żaden pociąg.
	Odcinek, przez który wytyczona została droga przebiegu, lub wskazanie wolnego odcinka blokady liniowe.
	Odcinek zajęty przez pociąg.
	Rozjazd w położeniu zasadniczym i przycisk jego sterowania.
	Kierunek blokady liniowej i przyciski sterowania blokadą: Wbl – włączanie blokady liniowej w kierunku „od siebie” Pzk – pozwolenie zmiany kierunku blokady Zwbl – zwolnienie blokady liniowej NO – przycisk wyprawienia pociągu po torze lewym (wyświetlenie wskaźnika W24 na semaforze wyjazdowym) zielona dioda informuje o podaniu semafora na sąsiednim posterunku w lub z kierunku szlaku
	Plombowane przyciski i liczniki ich wykorzystania: dPo – doraźne zablokowanie bloku początkowego (stwierdzenie wyjazdu pociągu na szlak) dKo – doraźne zablokowanie bloku końcowego (stwierdzenie przyjazdu pociągu)
	Licznik sygnałów zastępczych i przycisk podawania sygnału zastępczego.
	Przycisk sterowania tarczy manewrowej wraz z lampkami jej stanu.
	Przycisk sterowania wykolejnicy wraz z sygnalizacją jej położenia.
	Przycisk zwalniania przebiegu manewrowego wraz z lampką nastawienia przebiegu.

Aby przygotować drogę przebiegu należy obsłużyć przyciski sterujące rozjazdami mającymi znaleźć się na układanej drodze. Szczeliny rozjazdów podświetlają się na kolor żółty wskazując aktualne ułożenie rozjazdu. Po skontrolowaniu, czy droga przebiegu jest ułożona prawidłowo, można obsłużyć przycisk semafora w celu utwierdzenia drogi przebiegu i wyświetlenia sygnału zezwalającego na jazdę.

Ułożona, utwierdzona droga przebiegu podświetli się na biało.

Jeśli droga przebiegu została ułożona nieprawidłowo, należy ją rozwiązać. W tym celu należy pociągnąć przycisk obsługi semafora w celu wygaszenia sygnału zezwalającego na jazdę, a następnie odnaleźć plombowany przycisk zwalniania przebiegu – pomocna może okazać się lampka nastawienia przebiegu znajdująca się obok przycisku. W przypadku realizacji kilku przebiegów jednocześnie warto zwrócić uwagę na oznaczenie przycisku – opisany jest jako „znazwa_semafora”, np. zK10, zC. Zrywamy plombę zabezpieczającą przebieg i ciągniemy przycisk zwalniania przebiegu. Podświetlenie szczelin torów, przez które prowadził przebieg zgasną, a rozjazdy ponownie będzie można przekładać. (pod warunkiem ich niezajętości)

Aby podać sygnał zastępczy na semaforze należy odnaleźć przycisk podawania sygnału zastępczego dla tego semafora. Przyciski te znajdują się zazwyczaj na szczycie pulpitu nastawczego i są oznaczone symbolem „Sznazwa_semafora”, np. SzC. Po pociągnięciu przycisku podawania sygnału zastępczego, sygnał ten wyświetli się na semaforze i będzie trwał przez 90 sekund. Dodatkowo na liczniku sygnałów zastępczych po zakończeniu nadawania sygnału ich wartość wzrośnie o jeden.

Aby przygotować blokadę liniową do zmiany kierunku jej działania należy odnaleźć przycisk zwalniania kierunku blokady dla danego toru - Zwbl.

Jeśli szlak jest wolny, strzałka kierunku działania blokady zacznie migać i zapali się lampka kontrolna obok przycisku Zwbl. Po uzyskaniu potwierdzenia wykonania polecenia obie strzałki kierunku blokady zgasną, a blokada będzie nieaktywna.

Aby aktywować blokadę liniową w kierunku „od siebie” należy odnaleźć przycisk włączania blokady liniowej w kierunku „od siebie” – Wbl.

Po jego naciśnięciu zaświeci się lampka kontrolna przy przycisku, a strzałka kierunku blokady zacznie migać wskazaniem wybranego kierunku działania, w oczekiwaniu na uzyskanie zgody na aktywację tego kierunku przez sąsiedniego dyżurnego ruchu. Po uzyskaniu takiej zgody strzałka zaświeci światłem ciągłym, a blokada będzie aktywna dla wskazanego kierunku.

Aby wyprawić pociąg na tor lewy należy przed obsłużeniem przycisku semafora odnaleźć przycisk odjazdu na tor niewłaściwy (NO) i wcisnąć go.

Po zaświeceniu się strzałki kontrolnej obok przycisku można obsłużyć przycisk semafora i wyświetlić sygnał zezwalający na jazdę. Strzałka kontrolna zgaśnie, a droga przebiegu utwierdzi się dla pociągu jadącego na tor lewy.

Kiedy strzałka kierunku blokady liniowej zacznie mrugać, obsługujemy przycisk pozwolenia zmiany kierunku działania blokady (Pzk). Strzałka kierunku działania blokady zaświeci światłem ciągłym. Następnie obsługujemy przycisk przyjazdu z toru lewego (NP). Strzałka kontrolna przycisku zaświeci się i będzie można podać sygnał zezwalający na wjazd pociągu do stacji.

Prowadzenie ruchu na szlakach z blokadą półsamoczynną wymaga dodatkowo obsługi bloku końcowego i początkowego, a także komunikacji z sąsiednim dyżurnym ruchu w celu stwierdzenia, czy tor szlakowy jest wolny.

Po potwierdzeniu dyżurnemu ruchu sąsiedniej stacji, że droga dla pociągu jest wolna należy spodziewać się mrugającej na biało strzałki kierunku działania blokady liniowej. Obsługujemy przycisk pozwolenia na włączenie kierunku (Poz), po użyciu którego strzałka zmieni kolor na czerwony.

Po zwolnieniu odstępu za semaforem przez pociąg zaświeci się lampka przy przycisku blokowania bloku końcowego. Po użyciu tego przycisku lampka gaśnie, a blokada liniowa wyłącza się.

Po potwierdzeniu dyżurnemu ruchu sąsiedniej stacji, że droga dla pociągu jest wolna należy spodziewać się mrugającej na biało strzałki kierunku działania blokady liniowej. Obsługujemy przycisk pozwolenia na włączenie kierunku (Poz), po użyciu którego strzałka zmieni kolor na czerwony.

Po uzyskaniu takiego potwierdzenia możemy przystąpić do włączania blokady liniowej przyciskiem „Wbl”. Po uzyskaniu pozwolenia od dyżurnego ruchu sąsiedniego posterunku blokada włączy się w wybranym kierunku i pojawi się możliwość wyprawienia pociągu. Kiedy pociąg dojedzie do sąsiedniej stacji, jej dyżurny ruchu zwalnia blok końcowy i blokada powraca do stanu neutralnego.

Komunikacja z dyżurnymi ruchu odbywa się przy pomocy pulpitu dyżurnego ruchu. Aby wykonać połączenie na sąsiedni posterunek ruchu należy podnieść słuchawkę klikając na nią LPM, a następnie wciskając kwadratowy przycisk po prawej stronie klawiatury numerycznej. Przyciski są opisane nazwami posterunków, do których można zadzwonić. Jeśli przycisk podświetlony jest na fioletowo, to danym posterunkiem steruje Wirtualny Dyżurny (AI) i komunikacja z nim możliwa jest jedynie tekstowo. Po wybraniu żądanego rozmówcy pojawi się okienko dialogowe wyboru sposobu komunikacji – głosowo (ikona mikrofonu) lub tekstowo (ikona czatu). Po wybraniu rozmowy głosowej rozpocznie się połączenie. Nie ma potrzeby wciskania przycisku nadawania na klawiaturze. Jeśli wybierzesz rozmowę tekstową, pojawi się okienko czatu i możliwe do nadania komunikaty. Wirtualny Dyżurny zareaguje wyłącznie na predefiniowane komendy wybierane z tej listy. Rozmowę z innym graczem można prowadzić bezpośrednio z okienka czatu danej stacji. Po zakończeniu rozmowy należy zakończyć połączenie odkładając słuchawkę, klikając na miejsce, z którego ją zabraliśmy.

Kiedy inny gracz próbuje się z nami skontaktować głosowo, przycisk rozmówcy podświetli się na czerwono i rozlegnie się dzwonek telefonu. Aby odebrać połączenie wystarczy podnieść słuchawkę telefonu. Podczas rozmowy przycisk podświetlony jest na zielono. Aby zakończyć rozmowę analogicznie odłóż ją na miejsce. Przycisk rozmówcy powróci do podstawowego koloru – szarego.

Radiotelefon służy do rozmów z maszynistami, może być również wykorzystywany do rozmów z sąsiednimi posterunkami ruchu przy radiotelefonicznym zapowiadaniu pociągów. Zasięg działania radiotelefonu to ok. 10-15km, a rozmowy są słyszalne przez wszystkich graczy mających ustawiony prawidłowy kanał radiowy. Aby rozpocząć nadawanie należy przytrzymać klawisz nadawania (domyślnie `) i trzymać go aż do zakończenia nadawania.